Попробуй сделать следующее.
1. Открыть Nautilus любым способом: что Переход/любая открывающаяся папка, что из комстроки.
2. Выбрать слева вверху "Места".
3. Щелкнуть по папке "Документы". Если откроется - ругаться матом и кидаться тухлыми яйцами. Если вылезет та же ошибка, то
4. Закладки/Изменить закладки. И проверить, а куда у тебя ведет папка "Документы"?
Я знаю, что это можно сделать через редактор реестра, но где там искать - фиг его знает.
Еще это возможно потому, что у тебя Наутилус запущен через sudo.