А что у вас на сцене отображается? Если картинка то проще (и правильней) пользовать QImage:
QRgb QImage::pixel ( int x, int y ) const; //узнать цвет пикселя
uchar * QImage::bits (); //манипулировать пикселями
который надо рисовать здесь:
void QGraphicsItem::paint ( QPainter * painter, const QStyleOptionGraphicsItem * option, QWidget * widget = 0 ) [pure virtual]
Если примитивы, то
QGraphicsItem * QGraphicsScene::itemAt ( const QPointF & position, const QTransform & deviceTransform ) const
вернет объект под мышкой и цвет можно узнать из его свойств которые нужно отдельно сохранить. Но это в простых случаях - градиент и антиалиасинг обработать будет сложно. Так что придется геометрию рисовать в QImage а дальше как выше. Как видите, эффективность еще та.
Вообще, знать цвет пикселя имеет смысл разве что для картинок и градиентов, так что используйте QImage. И не забывайте про mapFromScene / mapToScene .