Возможно при создании образа что-то не было учтено. Лично я всегда проверяю свои сборки на dvd-rw в live режиме. Обычно трудности возникают при обновлении ядра. Не работал с Remastersys,
но в руководстве по сборке есть такая фраза:
Если вы поменяли или обновили ядро в chroot-окружении, то это же ядро надо скопировать на сам диск, чтобы могли грузиться модули. Например:
cp myubuntu_root/boot/vmlinuz-3.2.0-24-generic myubuntu_iso/casper/vmlinuz
cp myubuntu_root/boot/initrd.img-3.2.0-24-generic myubuntu_iso/casper/initrd.lz
так и делаю.