Прозрачный прокси не означает, что ВЕСЬ трафик идет через кальмара. На моих, к примеру, только 80-й порта на прокси заворачивается. И разрешены все исходящие соединения по всем портам. Потому как, сразу и не угадаешь, что взбредет в голову программерам, пишушим для госсектора. По идее, тебе надо просто не рубить все исходящие коннекты в iptables и все.