Теперь согласен, в большинстве случаев надо устанавливать с нуля.
Оказывается недостаточно отключения сторонних PPA, еще надо удалять сторонние пакеты. У меня, при установке новых пакетов, установщик сообщал об ошибке "Package already installed and configurated", потом установщик сообщил "Too many errors, installation halted". То есть не установилась даже половина пакетов, а установка, закончила распаковку новых пакетов, перешла к очистке и перезагрузке. В итоге система перестала загружаться совсем, ни намека ни какаю командную строчку, только черный экран.