Можете загрузиться с LiveCD ubuntu, и там gparted'ом отформатировать его в ntfs. При установке винды, у вас спросять на какой диск вы желаете поставить? И там будет что-то типа "Неизвестная область", вот тут стоит ubuntu. Удаляете этот раздел и делайте потом с ним что хотите.