Я с Wine почти не работал: у меня там только 2Gis и одна из старых NFS. Но думаю, что произошла небольшая путаница в понятиях.
Во-первых, если "всё остальное" - на разделе с NTFS, то устанавливать от туда в Wine не следует, могут быть глюки. В любом случае, прогу надо скопировать на диск с родной для Ubuntu файловой системой (чаще всего ext4), лучше в сразу в свою "Домашнюю папку".
Во-вторых, Win-программы через Wine и должны ставиться в виртуальный "диск C" Ubuntu, который находится в домашнем каталоге пользователя, то есть в /home/имя пользователя/.wine
А вот тут, что в-третьих, всё завист от того, примонтирован ли /home к отдельному разделу HDD. Если не примонтирован, то /home (вместе с .wine) будет стоять на том же разделе, что и / (root), что можно ошибочно принять за "drive_c на системном диске".
В общем проблемы, касаемой размещения, как таковой нет. Вот если программа не запускается, это да - проблема, но тут всё зависит от программы и пути решения могут быть различны.
P.S. Никакие дополнительные виртуальные разделы создавать не нужно и не нужно их ни куда специально помещать - это только захламляет систему.