ТС, два года на Ubuntu? Похоже, Вы всё забыли.
Самый нормальный мануал:
https://help.ubuntu.ru/manual/введение.
Особое внимание обратите на:
https://help.ubuntu.ru/manual/загрузка_с_livecdhttps://help.ubuntu.ru/manual/разметка_дискаhttps://help.ubuntu.ru/manual/файловая_системаhttps://help.ubuntu.ru/manual/установкаОбщие действия (в Вашем случае):
1. Установить Windows на первый винчестер.
2. Скачать Ubuntu и создать загрузочный диск или загрузочную флэшку.
3. Запустить Ubuntu c диска или флэшки без установки (!).
4. С помощью программы Gparted создать на втором (новом) винчестере три раздела для Ubuntu:/(root),/home и /swap.
5. Закрыть Gparted и запустить с рабочего стола "Установить Ubuntu".
6. В приглашении к разметке диска выбрать "Другой вариант" (или "В ручную").
7. Основываясь на приведённых здесь выше инструкциях примонтировать ("применить") части файловой системы к заранее созданным разделам.
8.
(A). Если хотите иметь полностью независимые системы на разных винчестерах укажите, что Grab должен утстанавливаться на новый винчестер (скорее всего это будет sdb, так как обычно винчестер с Windows, прописанный в BIOS компьютера загрузочным - sda.) При этом способе меню с выбором систем не получите, так как загрузчики Windows и Ubuntu будут стоять на разных физических винчестерах и не будут знать друг о друге. Выбор системы будет осуществляться путём выбора винчестера, с которогго надо загрузить компьютер.
(B). Если хотите получить меню загрузки, то укажите, что Grab должен быть установлен на sda (то есть на винчестер с Windows), хотя саму Ubuntu вы ставили на другой винчестер (на sdb). При таком подходе Grab увидит загрузчик Windows, перехватит на себя управление и пропишет его в своё меню выбора осей.
Всё, правильная установка завершена.
P.S. Grab, в любом случае, ставьте на "винчестер", а не на "раздел", то есть просто на sda или sdb, без номера раздела. И если уж всё переставляете "с нуля", то не пытайтесь писать комманды для установки Grab, нужно просто указать в графическом интерфейсе в процессе установкиситемы, куда нужно поставить загрузчик, и система его сама установит.