Remastersys в режиме Backup снимает копию всего, но есть одна тонкость. Если объем образа получается более одного DVD, то образ не создается. Можно побороть через исключение "тяжелых" папок (видео, изображения, загрузки, документы и т.д.) из бэкапа. На моей системе эти папки располагаются на отдельном HDD, а в домашней папке находятся только ссылки на эти папки. На время бэкапа я пряччу (переношу) ссылки на тот же отдельный хард, правлю fstab (комментирую строку, монтирующую этот жёсткий диск) и отмонтирую его. Бэкап ценного с этого отдельного диска делаю отдельно tar-ом из-под рута.