Загрузился сегодня в свою xubuntu 12.04 и обнаружил вместо рабочего стола со значками просто серый экран. Панели на месте, всё работает, кроме рабочего стола. Даже обоев нет. Недавно чистил домашнюю папку - отключил просмотр скрытых файлов и удалил всё НЕпапки, может повлияло?

Думаю удалено не все из /home, иначе как загрузилось.
Если работает пароль руута, то создать ещё одного пользователя, потом им зайти.
Предыдущего, с преобладанием серости удалить.
Ради интереса открыть просмотр скрытых файлов, посмотреть сколько всего грохнул.
С другой стороны, может это не потеря вовсе. Новые обои можешь поставить? Если были конки, понятно теперь не будут, если не создать скрытый каталог.