Ничего ручками делать не надо, если уж такая странная необходимость в древней жабе, то надо почитать документацию по update-java-alternatives и просто update-alternatives и понять как прописывать в систему альтернативы. Но это не очень просто. Вариант два: указать нужному приложению использовать нашу жаву, а не системную. Как это сделать - зависит от ПО.