>>>Что я делаю не так
всё.
kaban@kaban-desktop:~$ cd '/home/kaban/Рабочий стол/Coccinella-0.96.20Linux-x86'
вот этой командой ты перешел в каталог с бинарником, зачем ещё 10 раз его писать?
в 2-х словах надо так:
cd '/home/kaban/Рабочий стол/Coccinella-0.96.20Linux-x86'
sh Coccinella-0.96.20.bin
>>> и что ей надо?
ей надо We need Tk 8.5 or later here. Run Wish or find a tclkit!
sudo apt-get install tcl tk
судя по Coccinella-0.96.20Linux-x86 это 32-х битное, если у тебя 64-х битная ос, то может не хватать еще каких-то библиотек.