У меня такого желания не возникало...
Но... Пара мыслей есть...
1). Не помню.., Thunar тоже не умеет выставлять папкам иной обработчик? Если умеет то попробуйте через него выставит для folder-ов его самого...
Как вариант, найти и поставить, что умеет... Ну или, вручную, подправить-выставить соответствующие mimi-шники в конфиге
~/.local/share/applications/mimeapps.list. Коли память не изменяет, то вам, скорее всего требуется:
inode/directory=thunar.desktop
Ну или как в Бунте (не помню, ибо не в ней), обзывается desktop файл для Thunar (гляньте в
/usr/share/applications, коли что)...
Если в mimeapps.list уже есть подобная строчка с значениями разделенными точкой с запятой, то вставьте thunar впереди всех (дабы был главным обработчиком из множества вариантов)...
Если есть, но с одним значением, то либо замените его, либо также (имхо желательно) выставите вперед отделив от старого точкой с запятой.
2). Но это уже скорее костыль, правда.
В
~/bin (если нет то создать) сделать симлинк на
/usr/bin/thunar и обозвать его
nautilus...

Не хотите, что-бы
bin мозолил глаза? Переделайте в домашнем профиле bash соответствующую переменную на, скажем,
.bin...
PS.По поводу рабочего стола... А он нужен? В последнее время я его отрубаяю и использую только как поверхность для обоев и виджитов (нужна некая папка постоянно под рукой? На то также есть виджеты)... А часто используемые приложения я либо на панели размещаю, либо, в случае shella в его, стандартном, избранном...