Как уже правильно заметили - привести все файлы к общему знаменателю, т.е. переконвертировать в какой-то единый формат (ни слова об исходном автор не сказал). Склеить их после способов много. В моём случае пришлось переконвертировать .MTS (1920x1080) в DV-AVI (720x576), ибо AVCHD мой комп не тянет, а после скриптиком вида
#!/bin/sh
mencoder *.avi -ovc copy -oac copy -o output.avi
запущенном в папке с авишками всё это склеилось. Как вы заметили, в системе присутствует mencoder (mplayer).
Сорри за кощунственное отсутствие sudo в скрипте (см. подпись)