разобрался. добавляется лишь файл ~/.local/share/applications/myprogram.desktop c вышеприведённым содержимым и так же нужно добавить в файл ~/.local/share/applications/mimeapps.list
следующее
[Added Associations]
plain/text=myprogram.desktop;
Но теперь возник вопрос, как MIME-тип указать как набор всех существующих, чтобы пункт отображался для всех файлов и папок. Пробовал вместо plain/text - all/all, all/allfiles, */*, *, но после этих изменений пункт в контекстном меню лишь пропадал.