Vovaldo,
ну ELF сам по себе тоже не запускается. Нужен загрузчик (линкер) для ELF это всем известный ld
Для PE написали отдельный загрузчик. называется wine.
Отличается реализация, отличается формат файлов, отличаются библиотеки, но после того как wine или ld отдают управление загруженному приложению для ОС (ядра linux) эти процессы ничем не отличаются.