В гноме всё настраивается через темы.
Инструкцию вы правильную нашли но она для gtk2, а в Ubuntu 12.04 Gtk3 там совсем другие темы.
вам нужно поискать, на просторах интернета, подходящие настройки gnome-panel.css
пример файла доступен у вас на диске /usr/share/themes/Ambiance/gtk-3.0/apps/gnome-panel.css
как вариант, скопируйте папку /usr/share/themes/Ambiance/ в ~/.themes/
переименуйте папку (например в AmbianceMy) и удалите файл ~/.themes/Ambiance/index.theme
Но, к сожалению конфигуратор тем поломан

и через настройки вашу тему он не даст сменить
поэтому, чтобы сменить тему на вашу вам придётся изменить настройку в программе dconf-editor (он пришёл на смену gconf-editor-у) из пакета dconf-tools
в нём открываете настройку gtk-theme по следующему пути org.gnome.desktop.interface
там прописываете AmbianceMy
теперь у вас должна включиться ваша тема.