Сомнения по поводу компиза -- в неработающей мыши и клаве. Что-то встало криво.
Я бы забекапил /home, но без настроек (скрытых файлов и директорий) и переустановил с чистого листа, ИМХО, неспецифический баг, найти сложней, чем переставить.
Если после переустановки будет работать 3D, то можно ставить проприетарные дрова. Любимые приложения после переустановки ставить по одному и смотреть, не вызывают ли они проблем.
Извиняйте, помочь могу только этим ((