lar0ux,
Во-первых, эту команду (optirun) можно фиксированно прописать в ярлыке приложения. А можно два ярлыка сделать: один с nvidia, другой с intel. Во-вторых, вроде бы уже для bumblebee сделали графический интерфейс, где можно выбирать приложения, запускаемые с nvidia.