Собственно проблема и есть с правами. Когда ты запускаешь от имени root то все работает и не паришься.
Либо надо определить, от какого пользователя ты работаешь по умолчанию, и дать полные права на директорию, где делаешь проект. Но это не есть гуд, если ты держишь проект в var/www. Хотя на локальном компе пофиг, на продакшн это плохо - раздавать права на эту папку кому не поподь. Так что тебе все равно программу из-под пользователя запускать надо. Если честно, у меня такая же канитель, только я на PyCharm работаю. Тоже также каждый раз запускаю с sudo. Привык, не напрягает. Если хочешь, чтобы было автоматом, надо типа скрипта под linux написать. Как писать не помню, но в свое время пробовал, там ничего сложного нет. Погугли, найдешь рецепт.