Объясняете действительно не очень. Если "графической оболочкой" и "иксами" называете Гном (те менюшки и рюшки), то прочитайте про запуск приложений в отдельном X-сервере.
Примерно так:
X :1 &
запустится новый X-сервер (тупо черный экран), возвращаетесь обратно (ctrl+alt+f7) и запускаете нужное приложение:
DISPLAY=:1 chrome
переходите в новые иксы (ctrl+alt+f8) с Хромом.
если Хром закрыть будет только черный экран.