Teffylin, проверьте, какие программы запущены в сессии, удалите сохранённую сессию.
Пямятка - цикл выключения: сброс дискового кеша в постоянную память, завершение пользовательских приложений, остановка Х-сервера, завершение работы ядра. Вероятно, что у вас задержки в 1 или 2 шаге цикла.