Что-то ненормальное у вас с разметкой:
Device Boot Start End Blocks Id System
/dev/sda1 * 1 15418 123839489 5 Extended
/dev/sda2 15418 60802 364542976 b W95 FAT32
/dev/sda5 1 13522 108611328+ 83 Linux
/dev/sda6 13522 15418 15227904 82 Linux swap / Solaris
Сектор 15418 используется разделами 1 и 2! Такого быть не должно!
Из-за пересечения разделов, при записи в последний сектор свопа, будет перезаписана информация в начале раздела sda2. То же самое и с sda5, sda6, которые используют сектор 13522 вместе.
Не представляю как можно было получить подобную разметку, если только не править MBR вручную... Чем вы создавали разделы?
Сперва сделайте копии важных данных (на всякий случай), затем нужно привести разметку в норму. Я бы удалил sda6, затем уменьшил бы расширенный раздел sda1 на 1 сектор (1-15417). Потом нужно восстановить sda2: я так понимаю там была NTFS, тогда запустите testdisk и в инструментах файловой системы выберите восстановить загрузочный сектор NTFS. Если диск появится - значит все сделано верно. Затем можно заново создать swap. В итоге разметка должна выглядеть так:
Device Boot Start End Id System
/dev/sda1 * 1 15417 5 Extended
/dev/sda2 15418 60802 b NTFS
/dev/sda5 1 13522 83 Linux
/dev/sda6 13523 15417 82 Linux swap / Solaris
После всего, проверьте что разные разделы не используют одни и те же сектора.