Запускайте через консольную утилиту time. Например, если программа запускается просто как ./app, то можно использовать "time ./app".
Можно измерять время внутри самой программы с помощью cpu_timer из boost или чего-нибудь ещё, выводя полученные временные интервалы в консоль; это даёт способ точного измерения времени работы отдельных участков кода.