При установке ведь есть возможность зашифровать систему, начните с этого.
А.. что-то смутило меня "выделенный сервер", вы dedicated server имеете в виду?
Для начала подобрать тогда нормальный дата-центр, который просто так ваш сервак не отдаст, а затем шифрование да + озаботится шифрованием канала между серваком и юзерами дабы не было перехвата.