Здравствуйте! У меня такая же проблема и тянется уже давно, с прошлых версий Ubuntu (сейчас 12.10).
Дефолтные ассоциации файлов в
/usr/share/applications/defaults.list
смотри строку
text/plain=gedit.desktop
А измененные пользователем ассоциации файлов в
~/.local/share/applications/mimeapps.list
text/plain=gedit.desktop в обеих файлах
через терминал открывается с первого раза
хотел было переустановить, но получил предепреждение, что не буду получать обновления Ubuntu Desktop и не стал.
Прошу помочь.