Собственно, именно это делает Wubi --- создает несколько loopback устройств и инсталляцию системы на них.
Так что все известные минусы wubi (в первую очередь нестабильность) должны, как мне представляется, проявиться в той или иной степени при таком подходе.
Про создание loopback устройств можно посмотреть, например,
здесь.