Если нет ничего ценного в уже установленном wine, можно просто
rm -rf ~/.wine
после чего при следующем запуске wine папка ~/.wine сгенерируются заново.
PS. Новичкам советы вроде моего следует воспринимать с осторожностью, так как вместо "rm -rf ~/.wine" вполне может оказаться "rm -rf ~/ .wine" (с пробелом после /). И тогда вместо папки .wine в домашней директории удалится вся домашняя директория.