1. После записи информации в Ubuntu, не забудь отмонтировать диск.
2. Как уже посоветовали, выполни проверку диска. Иногда Windows делает это автоматически при загрузке системы. Как-то Linux, видно, не совсем корректно записывает на НТФС-разделы, Windows часто ругается.