В одной теме потому что подозреваю что все они растут из одного места - багах в конфигурации.
1 В трее нет значка с конвертиком. indicator-messages переустанавливал. В dconf-editor ничего не нашел про него похожего кроме списка приложений который был пустой - добавил туда empathy.desktop - не помогло.
2 Из меню не запускаются программы требующие прав суперпользователя. В частности synaptic и gparted.
3 Нет настроек автозапуска приложений - ни пункта "Запуск приложений..." в кнопке сеанса ни через поиск не находится.