Хм, а кто запрещает в Unity пользоваться родным Terminal-ом, запуская через него некоторые программы, написанные для KDE? (А нужна ли вообще такая система запуска, может проще мышкой?)
И да, при загрузке некскольких DE могут быть глюки, раз на раз не приходиться. Нормально уживаются только Unity и GmomeShell.
Кстати, 13.04 ещё не стабильна (хотя и лучше, чем 12.10). Если всё будет совсем критично - работайте в 12.04, ибо LTS.