Я не раз это делал с помощью dd.
Целевой диск должен быть не меньше исходного, после записи на новый диск запускается fsck, которая устраняет ошибки, связанные с новым размером диска.
Пока что проблем не возникало.
Ну и да, по потребности коррекция fstab и восстановление grub.