Надо править десктоп файл, который скопирован в каталог автозапуска.
В строке Exec=команда добавить атрибуты типа -no-window
Более точно не скажу ибо не пользуюсь, надо поискать, а я ком уже выключил, пишу с телефона.
Поищите по форуму по словам 'запуск в свернутом состоянии' , думаю найдете быстро