Заметил проблему еще в 13.04 где по стандарту клава на основном рабочем столе английская, но как только запущу какую либо программу все само по себе переключается на русскую и т.п, при этом на индикаторе ничего не отображается, думал что это опция для всех окон или для каждого отдельно, в настройках раскладки, но там все вроде нормально, в Fedora подобной проблемы не наблюдал хотелось узнать решения, так как пересел временно на Ubuntu (до релиза Fedora 20)