Была такая же проблема, сейчас исправил: НАСТРОЙКА - отметил Показывать значок системного лотка - ВСЕГДА. Активировал галочкой модуль "Уведомления о сообщениях". В поле Команда Автозагрузки поставил полный путь к файлу - /usr/bin/pidgin Попробуйте, может исправит...Ну и в панели отключил т.н. опцию Белого списка...