Над (перед) остальными правилами
Вы уверены, что Вы про правила говорите?
Дабы не развивать холивара: Вы сейчас говорите про shell-скрипт, который загружает правила в netfilter. И да будет Вам известно, что многие не используют отдельный shell-скрипт для этого. И пользуется им ТС или нет - неизвестно.
Ваше предложение, конечно, правильное, но в случае применения именного этого метода.
Пользователь решил продолжить мысль 17 Января 2014, 16:48:08:
Я не могу закрыть все, я пробросил необходимые порты входящие (RDP, FTP, прочие).
Не путайте себя и читающих новичков, хотя, судя по всему и сами являетесь таковыми.
Проброс (FORWARD) и входящие (INPUT) - разные цепочки, и запрет входящего траффика, никак не влияет на транзитный.