По умолчанию устанавливается устаревшая версия PHP

[asp2chief]

На хостинге взял чистую машину, поставил php по мануалу. Встала 5.5.3 хотя на сайте уже давно есть 5.5.8 Или это не так важно?

[gva230]

По-умолчанию становится самая последняя версия из стандартных репозиториев. Версия в официальном репозитории прошла проверку на совместимость и, возможно, ещё какие-то проверки. Не стоит гнаться за новыми циферками, если у вас нет веских оснований это делать.