Все файлы, если, открывать, например, через загрузки в браузере или через главное меню (Unity) - открываются через Nautilus. Но в самом Nautilus уже открывает нужная программа. Возможно это из-за того, что репозитории добавлял для установки xfce4.10 или когда удалял xfce - потащило какие-то пакеты.

Проверял /usr/share/applications/defaults.list и mimeinfo.cache - там все правильно.