В 12.04 всё работало.
Установил 14.04 - всё перестало.
Что делал:
1. убрал запуск ssh-agent при старте X сессии (из /etx/X11/Xsession.options).
2. добавил в ~/.profile
eval `keychain --eval --noask --quiet`
Что получаю: keychain выполняется при логине, запускает агента, всё ок. При соединении из терминала агент используется.
А в nautilus - нет.
В 12.04, повторюсь, что всё работала. Конфигурация была аналогичной.
Пользователь решил продолжить мысль 02 Июня 2014, 23:54:40:
Дуло оказалось в дурацком gnome-keyring-daemon, который "косил" под агента.
Его выклчение помогло.