Какой файловый менеджер используется? Если nautilus, то
nautilus --quit && nautilus -n
Это перезапустит nautilus. Скопируй какой-нибуть файл, чтобы вызвать этот эффект. Пишет ли что-то в терминал?
Что будет, если выполнить
dmesg | tail -n 50
cat /var/log/syslog | tail -n 50
во время зависания?
Также возможно, что перегревается что-то.