Все как есть, я подключаю к десктопу в такой-же последовательности, все работает.
Потом на десктопе установлено две операционки. Одна Ubuntu 14.04 другая Ubuntu studio 14.04.
Так, на просто Ubuntu 14.04 все работает прекрасно. А другой, та же проблема что и на ноутбуке.
И ни каких аппаратный проблем с Jack на наблюдалось. Так и в самой программе Rakarrack ни каких колебаний не видно, она даже гитару не видит.