запустить в консоли попробуй
Пользователь решил продолжить мысль 15 Сентября 2014, 00:57:17:
вот содержимое файла /etc/xdg/autostart/indicator-messages.desktop
[Desktop Entry]
Type=Application
Name=Indicator Messages
Exec=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/indicator-messages/indicator-messages-service
StartupNotify=false
Terminal=false
OnlyShowIn=Unity;GNOME;
AutostartCondition=GNOME3 unless-session gnome
X-Ubuntu-Gettext-Domain=indicator-messages
Обрати внимание - у меня система x64, если у тебя x32 то строка запуска должна быть (наверное)
Exec=/usr/lib/i386-linux-gnu/indicator-messages/indicator-messages-service
Естественно делать от рута, возможно необходимо сделать файл исполняемым