Проделал тоже самое, но не помогло. Оказалось, было достаточно отредактировать один файл dir-settings.conf
sudo leafpad .config/libfm/dir-settings.conf
Найти все значения ShowHidden=true и заменить на ShowHidden=false
Важно! Обязательно перезагрузиться не открывая PCManFM, в противном случае изменения сбрасываются.