Резюмирую: в LinuxMint 17 Mate почему-то не работает. Почему, так и не понял, хотя ядро там чисто от Ubuntu 14.04.
Решил не париться: создал отдельный раздел, примонтировал в /var/lib/mysql (естесcтвенно прописал в fstab на автомонтирование), написал скрипт на бэкап при изменении БД.
К стати, виртуальный хост тоже ни в какую не хотел работать ни в одной папке кроме родной: /var. Поступил аналогично, создав раздел и примонтировал в /var/www.
Может так и правильно.
Может у кого получилось, прошу поделиться, уже спортивный интерес