Оба варианта рабочие и являются стандартными решениями, потому как делать - решать администратору железки.
На данном форуме (в других практически не плаваю) приоритетным является iptables-save. Почему?
В выхлопе iptables-save , на самом деле, всё ясно и понятно: разбито по таблицам, цепочкам и в том порядке, в каком правила загружены в netfilter. Поэтому отследить соответствие алгоритму - достаточно легко.
В скриптах, можно прокомментировать что именно предполагал админ,применяя то или иное правило. НО!!! На сколько он корректно ввёл их порядок? Кроме того, ещё не факт, что кроме админского скрипта более никто не шаманит с правилами (есть некоторые системные службы, которые это делают).
А iptables-save - показывает ВСЕ правила, не зависимо откуда и кем они были загружены ядру.