Так у вас что, /boot общий для обеих систем?
Вроде бы и из этого положения можно выйти.
Например, если используется initrd.img, то пересоздать их для каждой системы,
используя mkinitramfs с параметром root, но я этого никогда не пробовал.
Если не используется, тогда надо каждому адру передавать как параметр
его корневой раздел. Это с grub2 сложнее, как это сделать правильно,
не могу сказать. Я скрипты в /etc/grub.d сам никогда не редактировал,
только встречал примеры.