Точно не могу сказать, но думаю, что system monitor и htop показывают память, занятую приложениями, а top к этому еще добавляет кешированную память. Формально она считается, используемой, но будет отдана приложениям по первому требованию.
Насколько я знаю, это делается для ускорения работы системы.
Кстати, в КДЕ SystemGuard показывает кешированную память отдельно.