в общем сейчас получилось так, сайт работает из /var/www/ при
sudo a2dissite 000-default.conf
а если этот дефолтовский конфиг включить, то работает из /home директивы
хоть и в этом дефолтовском конфиге такая строка:
DocumentRoot /var/www/html
а в /etc/apache2/sites-available/phpLearn.conf такая:
DocumentRoot /home/almaz/informatika/sandbox/phpLearn/
<Directory /home/almaz/informatika/sandbox/phpLearn>
#Разрешение на перезапись всех директив при помощи .htaccess
AllowOverride All
Order allow,deny
Allow from all
</Directory>
в общем то сейчас все работает, вот только я не пойму почему именно так работает.