Сервис DNS работает исключительно для клиента, с целью определить IP-адрес сервера, а потому в ip-пакете dns-имя не инкапсулировано.
Исключением пожалуй можно считать только http-пакеты, в них можно выковырнуть какому доменному имени направлен запрос.
Если используются http-запросы, то можно использовать apache в режиме прокси.
С исключением мог ошибиться. Если ошибаюсь, то старшие товарищи поправят.
Ах, да... Если сервисы распределить по портам, то можно безпроблемно раскидывать на уровне iptables. Например http(80), ftp, ssh перебрасывать на IP1, а http(8080), https(443), pop, smtp, ssh(ваще левый порт для секьюрности) - на IP2.
Но dns-имена тут вообще не при чём.