То есть для большинства местных обитателей проще переставить:
для домашнего не так много геморроя, как кажется; (гораздо больше выковыривать "остальное ручками")
1. насколько я понял, ТС хотел бы обойтись без переустановки
2. копирование прав с эталонного корневого раздела при загрузке с ливсиди по моим прикидкам восстановит права более чем на 90% файлов
3. "ручками" - это не означает установку прав на каждый файл вручную; мы знаем что "неправильные права" = 777 и мы знаем типичные права для /boot, /sbin, /usr/bin, /lib, /home и т.п.; т.о. задача сводится к поиску файлов с правами 777 и изменению прав на "типичные" для этого каталога. далее, да, ищем от корня права 777 и уже анализируем каждый файл в отдельности, но я не думаю, что их количество будет очень велико.
4. полностью согласен про бэкап, но судя по тому, что эта тема появилась, его у нас нет. так что исходим из реального. положения дел.